Sim, elas precisam ser geradas manualmente pelo sistema Traus.
Dentro da matrícula do Aluno vá na tela de contratos, agora existe uma nova opção chamada Gerar boletos das faturas pendentes. essa funcionalidade pode gerar todos os boletos de uma só vez ou selecionar as faturas desejadas.
Observação: A emissão de boletos é gratuita, limitando a cobrança somente para os boletos compensados.
Outras dúvidas:
Como criar novas faturas e emitir boleto?